Die große Gedächtnishalle im Erdgeschoss des Museums wird auch für Vorträge, Ausstellungen, Konzerte und Gottesdienste genutzt. Die vier Zimmer im Obergeschoss bieten mit ihren Themenbereichen ein Panorama der Reformation: Das Städtezimmer erinnert mit seiner Ausstattung an die Orte von Bildung und europaweiter Briefkultur, das Theologen- und Humanistenzimmer an die Zusammenarbeit von Gelehrten im Zeitalter von Renaissance und Reformation, und das Fürstenzimmer an die Beschützer der religiösen Reformbewegung im 16. Jahrhundert.