​Im Zweiten Weltkrieg blieben die Stadt Bretten wie das Melanchthonhaus von größeren Zerstörungen verschont. Durch die Druckwelle einer Bombe zerbarsten allerdings die farbigen Glasfenster im Chor der Gedächtnishalle. Sie konnten erst 1997 wiederhergestellt werden.

Am 8. Juli 1945 rückten amerikanische Truppen und Panzer in Bretten ein. Ihr Oberbefehlshaber war der US-Offizier Walter Hagen, der seinen Dienstsitz im Theologenzimmer des Melanchthonhauses einrichtete. Der Kunstmaler Albert Finck porträtierte ihn dort mit einem Aquarell. Es befindet sich als Dauerleihgabe im Melanchthonhaus.

Zum Ende des Jahres 1945 verließ die amerikanische Militärregierung Bretten, nachdem sie eine deutsche Verwaltung eingesetzt hatte. Das Melanchthonhaus diente danach als Warenlager für Hilfsgüter. In den Räumen des Gedächtnishauses stapelten sich nun Lebensmittel, Kleinmöbel, Kleidung sowie Gebrauchsartikel aller Art, die zum Teil aus Übersee stammten, aber auch durch Hilfswerksammlungen in Deutschland zusammengetragen worden waren.

Als sich die allgemeine Versorgungslage gebessert hatte, sollte das Melanchthonhaus wieder zum Museum werden. Mitglieder der evangelischen Gemeindejugend nahmen Schrubber und Besen in die Hand, um das Gedächtnishaus, das durch die Umnutzung nach dem Krieg sehr gelitten hatte, von Grund auf zu reinigen.

Das Melanchthonhaus war lange Zeit nur für ausgewählte Gruppen von Besucherinnen und Besuchern geöffnet. Es ist heute als reformationsgeschichtliches Museum und „Stätte des europäischen Humanismus“ eine Einrichtung, die mit der 2004 gegründeten Europäischen Melanchthon-Akademie ein breites Spektrum abdeckt: im Bereich Wissenschaft und Forschung und mit Bildungsangeboten für eine breite Öffentlichkeit. Der erste Schritt in diese Richtung war 1986 die Berufung eines Kustos durch die Stadt Bretten.