La Maison Melanchthon abrite une vaste bibliothèque scientifique spécialisée sur l’œuvre et l’activité de Philipp Melanchthon, qui sera constamment complétée. L’Académie européenne Melanchthon se consacre à la mise en valeur scientifique et à la recherche de ces fonds. Par ses publications, ses congrès et ses forums, elle inspire la recherche internationale sur Melanchthon et fournit ainsi des contributions à une nouvelle image à multiples facettes du réformateur de Bretten, qui le fait apparaître comme une personnalité aussi autonome que puissante aux côtés de Martin Luther. Les questions directrices du programme de recherche de l’Académie Melanchthon sont les suivantes :
- la personne et l’action de Philipp Melanchthon ;
- l'importance de Melanchthon pour l’histoire de la Réforme ;
- Melanchthon en tant qu´ « œcuméniste de la Réforme » (l´importance de Melanchthon pour l’œcuménisme au sein du protestantisme et le dialogue avec Rome dans le passé et le présent) ;
- les relations de Melanchthon avec le judaïsme et l'islam ;
- Melanchthon et le mouvement humaniste de son époque ;
- l'érudition universelle de Melanchthon (théologie, philosophie, philosophie naturelle, sciences naturelles, mathématiques, astronomie, astrologie, sciences historiques, médecine, psychologie, poésie antique) ;
- l'impact européen de Melanchthon.